Fakultas dipimpin oleh Dekan yang bertanggung jawab langsung kepada Rektor. Dekan memimpin perencanaan, pengorganisasian, pengkoordinasian dan pengendalian dalam menyelenggarakan pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian pada masyarakat, pembinaan dosen, pembinaan tenaga kependidikan dan pembinaan kemahasiswaan di lingkungan Fakultasnya.

Pimpinan fakultas terdiri dari Dekan dan Wakil Dekan bagi fakultas. Wakil Dekan bertanggung jawab kepada Dekan. Apabila Dekan berhalangan tidak tetap, maka Wakil Dekan bertindak sebagai pelaksana harian Dekan.

No. Fakultas Dekan Wakil Dekan I Wakil Dekan II
1 Fakultas Teknik Dr. H. Muhammad Djamaluddin, B.E., M.Kom Hariman Bahtiah, M.Kom. Yahya, S.T., M.Kom.
2 Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Dr. H. Edy Waluyo, M.Pd.
3 Fakultas Ilmu Sosial dan Ekonomi Dr. Muh. Fahrurrozi, S.E., M.M.
4 Fakultas Bahasa, Seni, dan Humaniora Dr. Drs. Mohzana, S.Pd., M.Pd.
5 Fakultas Ilmu Pendidikan Muhammad Sururuddin, M.Pd.
6 Fakultas Kesehatan Apt. Arief Rafsanjani, M.Farm.